實驗結束后應該對操作臺面，儀器，實驗用具及環境進行清潔，這對污染的控制尤為重要。
1、實驗后所有的試劑按照要求進行存放，廢料和廢液及時清理，避免存放過多和過久，廢液缸用有效氯含量為2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、離心管架、試管架等可重復使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中過夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、對各區的生物安全柜、潔凈工作臺先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外燈進行消毒處理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液對設備表面、臺面、地面、物品表面、傳遞窗內及門窗進行擦拭，再用純化水對設備表面、臺面、進行擦拭，避免消毒液對實驗器具的腐蝕，儀器如核酸提取儀采用內部紫外消毒程序進行照射；
5、操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時，應使燈管距離工作區的距離在60-90cm；實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。
PCR擴增檢驗實驗室原則上分為四個單獨的工作區域：試劑貯存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區→標本制備區→擴增反應混合物配制和擴增區→擴增產物分析區。 各實驗區之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。
臨床PCR實驗室設計的“16字口訣”：各區獨立、注意風向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空間上，必須是完全相互獨立的，各 區域無論是在空閑還是在使用中，應始終處于 完全的分隔狀態; (2)不能有空氣的直接相通。
在一般情況下，高粉塵含量會致使干凈度降低，而低粉塵含量容易導致潔凈度。在凈化車間的建設合同中，通常只會基本的空狀態測試，而因時間緊迫，經常錯過靜態和動態測試。但仍建議承建商和業主在靜態和動態條件下都對凈化車間進行測試。可有效保證凈化車間的建造符合相關設計要求。在靜態和動態兩種不同條件下的測試結果對比，分析凈化車間存在的問題，并提供有效幫助。例如：在靜態條件下，潔凈度達標，但到了動態條件下，卻超標。
因凈化車間管理措施發生失誤而致使：安裝機器時，不標準的清潔，不恰當的清潔程序，不嚴格的紀律管理，不正確的機器放置位置（將回風口擋住，或對過濾器的送風阻斷）等。因此，建議在空態和動態時，都要對凈化車間進行測試。
所有的凈化車間測試，基本都是基于國際認可標準上。 這些標準和實踐為凈化工廠的測試和認證提供了基本指導。事實上，凈化車間的業主和承建商因產品，工藝要求對技術指標，測試方式，驗收標準有著不同協議。因此，很多驗收標準由凈化車間的業主和承建商通過協商，并參考凈化車間測試認證公司的建議達成協議。
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